Avogadro

Cara Menggunakan Aplikasi "Avogadro"

 

avogadro

Avogadro adalah salah satu aplikasi editor molekul yang canggih, dimana aplikasi ini dirancang untuk berbagai jenis platform sistem operasi, yang salah satunya adalah sistem operasi Linux BlankOn. Aplikasii ini digunakan dalam kimia komputasi, pemodelan molekul, bioinformatika, ilmu material, dan bidang terkait.

Dengan aplikasi ini kita dapat dengan mudah membuat animasi senyawa tertentu seperti yang diinginkan sekaligus melakukan editing dari senyawa yang telah kita rancang.

 

Apa yang dapat dilakukan Avogadro?

  • Dapat melakukan pengunduhan secara langsung dari PDB (protein data bank) atau PubChem (database dari molekul kimia dan aktivitasnya terhadap uji biologis)
  • Inovatif “auto-optimation”, alat yang memungkinkan Anda untuk terus membangun dan memodifikasi, selama optimasi mekanika molekular.
  • Antarmuka untuk banyak paket komputasi umum.
  • Plugin yang memungkinkan Avogadro untuk diperpanjang dan disesuaikan.
  • Embedded interpreter Python.
  • Terjemahan tersedia dalam 19 bahasa lebih, termasuk antar muka juga sudah bisa berbahasa Indonesia, tersisa hanya beberapa bagian saja yang belum dialihbahasakan.
  • Cross-Platform: Molekul pembangun / editor untuk Windows, Linux, dan Mac OS X.
  • Intuitif: Dibangun untuk dapat digunakan dengan mudah bagi mahasiswa dan peneliti lebioh lanjut.
  • Cepat: Mendukung multi-threaded rendering dan komputasi.
  • Extensible: Plugin arsitektur bagi pengembang, termasuk rendering, tool interaktif, perintah, dan skrip Python.
  • Fleksibel: Fitur OpenBable yang dapat digunakan untuk impor file-file kimia lain, input untuk beberapa paket kimia komputasi, kristalografi, dan biomolekul.

Pada artikel ini akan membuat bentuk struktur molekul 2-metil 2-butena dengan avogadro.Untuk memulai aplikasi ini, pertama, tentu kita harus membuka aplikasi Avogadro. dimana tampilan awal dari aplikasi ini seperti ditunjukkan pada gambar dibawah ini.

screenshot-from-2012-12-29-19_24_381

Untuk mebuat bentuk molekul 2-metil, 2-butena pertama-tama kita klik Tool Setting, kemudian pada kolom Element kita ambil atom karbon, pada Bond Order pilih single dan double pada atom C kedua, kemudian klik pada layar gambar, tahan dan geser hingga terbentuk ikatan antar atom.

1

Apabila atom yang kita inginkan tidak ada pada list, maka kita dapat klik other untuk memunculkan tabel periodik unsur dan memilih atom yang kita inginkan dengan meng-klik atom tersebut.

3

Buat 5 buah atomk karbon yang saling berikatan seperti pada gambar berikut :

avogadro

selanjutnya pilih atom hidrogen pada menu build lalu pilih Add to hydrogen maka akan terbentuk seperti pada gambar berikut :

bb

Selanjutnya untuk membentuk rotasi ikatan sesuai dengan bentuk dan jaraknya maka klik ikon ikon 6 kemudian klik start, seperti pada gambar berikut :

cc

Dan selesai. jadilah satu molekul 2-metil, 2-butena yang terdiri dari atom karbon dan hidrogen.

dd

Selanjutnya setelah molekul sudah kita buat, kita juga bisa memanfaatkan toolbar dari aplikasi ini untuk melihat secara lebih detil dari atom yang kita buat dengan penjelasan masing-masing toolbar sebagai berikut :

ikon 1fungsi ikon ini adalah untuk membuat molekul serta membuat ikatan diantara atom-atom pada ruang gambar

ikon 2fungsi ikon ini adalah untuk merotasi desain molekul yang kita buat

ikon 3fungsi ikon ini adalah untuk melihat sudut kemiringan molekul secara vertikal dan horisontal

ikon 4fungsi ikon ini adalah untukmerotasi desain molekul pada gerakan yang bebas

ikon 5fungsi ikon ini adalah untuk menjalankan animasi rotasi ke berbagai arah sesuai dengan garis arah mouse

ikon 6fungsi ikon ini adalah untuk merotasi desain molekul yang kita buat

ikon 7fungsi ikon ini adalah untuk merotasi desain molekul yang kita buat

ikon 8fungsi ikon ini adalah untuk merotasi desain molekul yang kita buat ke beberapa arah

sekian penjelasan singkat saya mengenai aplikasi kimia Avogadro.

Leave a Reply

Your email address will not be published. Required fields are marked *